『”脱・外注”のRNA-seq解析』 〜ノーコードiDEPで、しくみから理解する〜

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コースについて

このコースは、「正しい理解の上で、自分の手でRNA-seq解析を進めていく」方法を学ぶ講座です。ウェブツールのiDEPを利用します。

※現在、教材を準備中です。6/25をめどに公開する予定です。いましばらく、お待ちください。

このコースで学べること

  • この講座は、「正しい理解の上で、自分の手でRNA-seq解析を進めていく」、そのための講座です。
  • 受講後には、こうなっているはず。
  • 自分のデータを、人に外注せず、自分の手で入口から出口まで解析できる
  • 「なぜこの手法・この設定なのか」を自分の言葉で説明できる(=査読者の突っ込みにも答えられる)
  • 結果が妥当かどうかを、自分で判断できる
  • そして、いずれRでの実装に進むときにも揺らがない、解析手法そのものの理解が土台として残る
  • 講座では、「入口・真ん中・出口」のそれぞれに対応する手法を扱います。
  • 入口:データの前処理
  • 真ん中:階層的クラスタリングとヒートマップ/主成分分析(PCA)/発現変動遺伝子(DEG)解析
  • 出口:エンリッチメント解析(GO・パスウェイ解析)/GSEA解析

コース内容

はじめに

  • はじめにお読みください
  • 配布資料

イントロダクション:RNA-seqのしくみ

カウントデータの前処理

階層的クラスタリングとヒートマップ

主成分分析(PCA)

発現変動遺伝子(DEG)解析

エンリッチメント解析(GO・パスウェイ)

GSEA

生徒の評価とレビュー

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