Rレッスン RNA-seq編〜ツールの“天井”を超えて、自分の手でRNA-seq解析〜

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コースについて

この講座は、『スタンダードなRNA-seq解析を、Rを使って、自分の手で進められるようになる』ための講座です。

ただコードの書き方を覚える、という講座ではありません。それぞれの解析手法について、まず「どういうしくみで、何をしているのか」を理解した上で、Rのコードとして動かしていきます。

 

そして、この講座は大きく2つの柱でできています。

ひとつは、標準的なRNA-seq解析を、しくみから理解して、自分の手でRで回せるようになること(1〜7章)。

もうひとつが、その解析を、生成AIと組んで進める“作法”を身につけること(8章)。

前者で「解析のしくみがわかり、“なぜこの手法・この設定なのか”を説明できる力」を、後者で「AIを使いこなし、その結果が妥当かどうかを見極める作法」を身につけます。この2つがそろうと、ツールが用意した枠の外にも、自分で手を伸ばしていけるようになります。これが、この講座で言う“ツールの天井を超える”の中身です。

 

受講が終わるころには、あなたはこんなことが、できるようになっています。

・自分のRNA-seqデータを、前処理から機能解析まで、Rで自分の手で解析できる

・「なぜこの手法・この設定なのか」を、自分の言葉で説明できる(=査読者の質問にも答えられる)

・AIが書いたコードを読んで、それが妥当か判断できる

・標準解析を自分の手で回せるようになり、ツールの“天井”の外にも、AIと組んで踏み出していける

コース内容

配布資料

  • RNA-seq解析手法の資料(プレゼンスライドPDF)
  • レッスン資料(Rのコード、例題データ)

イントロダクション ~RNA-seqのしくみ~

カウントデータの読み込みと前処理

階層的クラスタリング

PCA(主成分分析)

発現変動遺伝子(DEG)解析

エンリッチメント解析(GO、パスウェイ)

GSEA

生成AI活用

演習

生徒の評価とレビュー

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